Υπάρχει η πίστη ότι οι Οθωνοί ήταν το νησί της Καλυψούς, η Ωγυγία, όπου ο Οδυσσέας έζησε για επτά χρόνια πριν την επιστροφή του στην Ιθάκη. Σίγουρα αυτό δεν μπορεί να επιβεβαιωθεί, αλλά η ειδυλλιακή ομορφιά του νησιού και η εγγύτητά του στην Κέρκυρα (πιθανή νήσο των Φαιάκων) το κάνουν πιθανό υποψήφιο για αυτόν τον ρόλο.

Τον 11ο αι. το νησί κατακτήθηκε από τους Φράγκους και τον 12ο από τους Ενετούς. Τον 16ο αι. οι Τούρκοι κατέσφαξαν τον ντόπιο πληθυσμό. Στο τέλος του ίδιου αιώνα το νησί αποικίσθηκε από πρόσφυγες από τα μέρη της Ηπείρου και των Παξών. Οι κάτοικοι αυτοί των Οθωνών αποίκισαν αργότερα και τα άλλα δύο νησιά, όπου είχαν κτήματα και εγκαταστάσεις. Το 1864 τα νησιά ενώθηκαν με την Ελλάδα.